Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/10216/75202
Author(s): Diogo André Rocha Teixeira
Title: A Computational Platform for Gene Expression Analysis
Issue Date: 2014-07-11
Abstract: The advent of next generation sequencing methods has revolutionized the field of molecular biology in the past few years. Nowadays, we are able to produce enormous amounts of biological information, both quickly and at low cost. As such, tools have to evolve accordingly, in order to cope with such large volumes of information. In this report we discuss the usage of computer tools capable of conducting gene expression profiling based on information obtained through RNA Sequencing techniques, applied to a specific set of biological problems. In particular, we present the idealization process and implementation details of a web platform capable of addressing these problems, as well as the actual platform prototype. The prototype's functionality is showcased with a real case study, produced in collaboration with biology researchers. This report also includes a literature review, covering both the biological and technical aspects of the work, with special emphasis in machine learning techniques applied to data mining tasks. Lastly, we review the work done and results obtained so far and outline the possible future of the web platform.
Description: O advento das técnicas de sequenciação de nova geração revolucionou o campo da biologia molecular nos últimos anos. Hoje em dia somos capazes de produzir enormes quantidades de informação biológica rapidamente e a baixo custo. Assim sendo, as ferramentas devem também evoluir, a fim de lidarem com estas extensas quantidades de informação. Neste relatório discutimos o uso de ferramentas informáticas capazes de analisar perfis de expressão génica com base em informação obtida através de técnicas de RNA Sequencing, aplicadas a um conjunto específico de problemas biológicos. Em particular, apresentamos o processo de idealização e os detalhes de implementação de uma plataforma web capaz de resolver estes problemas, assim como o protótipo funcional dessa plataforma. As funcionalidades deste protótipo são demonstradas através de um caso de estudo real, produzido em colaboração com investigadores da área da biologia. Este relatório inclui também uma revisão da literatura, cobrindo os aspetos biológicos e técnicos deste trabalho, com um ênfase especial em técnicas de aprendizagem máquina aplicadas a tarefas de data mining. Por fim, revemos todo o trabalho efetuado e os resultados obtidos até ao momento e delineamos as possibilidades futuras para a plataforma web.
Subject: Engenharia electrotécnica, electrónica e informática
Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
Scientific areas: Ciências da engenharia e tecnologias::Engenharia electrotécnica, electrónica e informática
Engineering and technology::Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
TID identifier: 201301210
URI: https://repositorio-aberto.up.pt/handle/10216/75202
Document Type: Dissertação
Rights: openAccess
License: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Appears in Collections:FEUP - Dissertação

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