Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10216/102739
Author(s): David Vanhuysse
Title: Portal Web para enriquecimento de informação Genómica e Proteómica
Issue Date: 2017-02-09
Abstract: Currently the amount of information in the field of molecular biology is huge. The areas of Genomics and Proteomics are no exception. There are many accessible databases on the Web with important information for studies in these areas. The fact that there is too much information can be good because of huge websites terms where to look and always be information to what we seek and bad for not being simple access to information and can be a lot of redundant information, and sometimes the identifiers the items of information (genes, proteins, for example) are different for the same item in different websites.There are several websites with information relevant to studies in genomics and proteomics. Each has its shape and the way it makes access to the data in each varies from website to website. Many of these websites offer APIs (Application Programming Interface), which allows access to information applications software, while others keep all your information in databases and show content in HTML pages. These various ways that we can refer to the information on genomics and proteomics make it difficult to access software applications, in turn hampering the work of biologists.Furthermore, sometimes researchers have studying a large number of genes (resulting, for example a sequencing a genome) or protein (to provide, for example, oas positions of the linear structure of amino acids which will arise propellers - secondary structures ). In these cases that involve a grid amount of genes or proteins, automatic methods are valuable extremanete. Not only the speed in achieving results but because they can use various types of information (collected on the Web) to help the expert to group a large number of genes or help in explaining where appear the secondary structures in proteins.To do this will produce a Web portal that facilitates this collection task information while making this grouping of genes and proteins in a rational way, without the existence of multiple identifiers for the same item. The website will enable researchers to add new repositories containing API's or repositories that do not have any API.
Description: Atualmente a quantidade de informação no domínio da biologia molecular é enorme. As áreas da Genómica e da Proteómica não são excepção. São enumeras as Bases de dados acessíveis na Web com informação importante para os estudos nestas áreas. O facto de existir muita informação pode ser bom pelo facto de termos imensos sítios Web onde procurar e haver sempre informação para aquilo que procuramos e mau pelo facto de não ser simples aceder à informação e de poder haver muita informação redundante, e por vezes os identificadores dos items de informação (genes, proteínas, por exemplo) serem diferentes para o mesmo item em sítios Web diferentes.Existem diversos sítios web com informação relevante para os estudos em genómica e proteómica. Cada um deles tem o seu formato e a forma como se faz o acesso aos dados em cada um deles varia de sítio Web para sítio Web. Muitos destes sítios Web disponibilizam APIs (Application Programming Interface), o que permite o acesso à informação por aplicações de software, enquanto que outros guardam toda a sua informação em Bases de Dados e mostram o conteúdo em páginas HTML. Estas diversas formas que podemos consultar a informação sobre a genómica e a proteómica tornam difícil o acesso por aplicações de software, dificultando por sua vez o trabalho dos biólogos.Acresce ainda que muitas vezes os investigadores têm ue estudar uma grande quantidade de genes (resultado, por exemplo que uma sequenciação de um genoma) ou de proteínas (prever, por exemplo, oas posições da estrutura linear de aminoácidos onde irão surgir hélices - estruturas secundárias). Nestes casos que envolvem uma grade quantidade de gens ou proteínas, os métodos automáticos são extremanete valiosos. Não só pela rapidez na obtenção de resultados mas porque podem usar variados tipos de informação (recolhida na Web) para ajudar o especialista a agrupar uma grande quantidade de genes ou ajudar na explicação dos locais onde aparecem as estruturas secundarias nas proteínas.Para tal será elaborado um Portal Web que facilite nesta tarefa de recolha da informação e ao mesmo tempo fazer este agrupamento dos genes e proteínas de forma racional, sem a existência dos vários identificadores para o mesmo item. O sítio Web vai permitir aos investigadores adicionar novos repositórios que contenham API's ou repositórios que não disponham de nenhuma API.
Subject: Engenharia electrotécnica, electrónica e informática
Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
TID identifier : 201796724
URI: http://hdl.handle.net/10216/102739
Document Type: Dissertação
Rights: openAccess
Appears in Collections:FEUP - Dissertação

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