Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/10216/102734
Author(s): Igor Guterres de Carvalho
Title: Automatic comparison of interactomes
Issue Date: 2017-02-09
Abstract: Cell are the basic building block for life existence. The cell nucleous houses its own DNA, which is composed by genes. On the other hand, most genes contain the information needed to make functional molecules called proteins, using protein interactions it is possible to create biological networks which can be named interactomes. The knowledge of interactomes are essential for our understanding of cellular functions and the origin of many diseases. However, it is not trivial to compare such networks, since the name of proteins varies from species to species, besides that, networks were mostly established in model species such humans and only 10 \% of protein interaction were predicted.Since there is a lot of common metabolic networks among different species one can use the information of a specific interactome of a well studied species and look for "missing genes" in a, not so well, studied species. The biologist research will then focus on detecting the predicted genes in the less studied species instead of making a "blind search for genes".The main goal of this dissertation is to design, implement and test, a tool, that enables the comparison of interactomes that belongs to same or different species and present these genes interactions.
Description: A célula é o bloco de construção básico para a existência da vida. O núcleo da célula contém o seu próprio DNA, o qual é composto por genes. Por outro lado, a maioria dos genes contém as informações necessárias para criar moléculas funcionais chamadas proteínas, usando interações de proteínas é possível criar redes biológicas que podem ser denominadas interactomas. O conhecimento de interactomas é essencial para a nossa compreensão das funções celulares e a origem de muitas doenças. No entanto, não é trivial comparar tais redes, uma vez que o nome das proteínas varia de espécie para espécie, além disso, as redes foram maioritarimente estabelecidas em modelos de espécies humanas, onde apenas 10\% das interações foram descobertas.Uma vez que existe uma grande quantidade de redes metabólicas comuns entre diferentes espécies, é possivel utilizar a informação de um interactoma específico de uma espécie bem estudada e procurar "genes em falta" em espécies não tão bem estudadas. A pesquisa do biólogo irá então ser focada na detecção de genes previstos nas espécies menos estudadas em vez de fazer uma "busca cega de genes".O objetivo principal desta dissertação é projetar, implementar e testar, uma ferramenta, que permite a comparação de interactomas pertencentes a espécies iguais ou diferentes e apresente essas interações de genes.
Subject: Ciências da computação e da informação
Computer and information sciences
Scientific areas: Ciências exactas e naturais::Ciências da computação e da informação
Natural sciences::Computer and information sciences
TID identifier: 201798379
URI: https://repositorio-aberto.up.pt/handle/10216/102734
Document Type: Dissertação
Rights: openAccess
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